Mikoto Misaka dan teman-temannya kembali, menyelidiki rumor di Academy City. Segera, Mikoto menemukan sesuatu yang mengerikan: percobaan mengerikan sedang berlangsung di seluruh kota, yang melibatkan pembunuhan ribuan esper. Selain itu, esper ini jauh dari sekadar orang biasa: mereka adalah klon dari Mikoto sendiri. Merasa bertanggung jawab atas perawatan mereka, dia berangkat untuk mengakhiri eksperimen; namun, kekuatan yang menentangnya jauh lebih berbahaya daripada yang dia perkirakan, dan Mikoto mendapati dirinya melawan beberapa esper paling kuat yang bisa dibayangkan.
Toaru Kagaku no Railgun southward melanjutkan kisah tentang Railgun saat dia mati-matian berjuang untuk mengakhiri eksperimen tidak manusiawi yang dia yakini menyebabkannya, hidupnya terseret dalam keputusasaan dalam prosesnya. Tidak pernah ada momen yang membosankan di Academy City, tetapi tidak ada yang pernah mengatakan bahwa semuanya akan menyenangkan.
[Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]